二是运输能力结构性矛盾。我国货运规模居于世界前列，2015年全国货运量达到417亿吨，公路、铁路货运量、港口货物吞吐量和快递业务量位居世界第一位。随着产业结构调整，传统上货运量占比较大的大宗商品需求大幅减少，与之配套的运输能力过剩。铁路货运量自2013年开始逐年递减，已经跌回到2010年前的水平。2015年，全国铁路完成货运量同比下降11.9%。铁路货运改革正式启动，加快向现代物流转型。但是，由于铁路货运市场化不足，开放度不够，仍不适应现代物流发展需求。特别是铁路两端的短驳费用较高，削弱了市场竞争力。目前，铁路平均运距已经从800公里延长到1000公里以上。此外，由于铁路承运主体较为单一，民营资本难以进入，导致缺乏承接铁路货运全程业务，组织多式联运的市场化主体。
   三是仓储能力结构性矛盾。我国仓储能力与需求存在较大差距，全国通用仓储设施面积8.6亿平方米，折合人均面积0.66平方米。同时，高标准仓储设施较为短缺，仅为2000万平方米，占全国仓储设施面积的2%左右。随着消费市场启动，特别是电子商务的发展，大量老旧仓储设施不适应现代化仓储需要。近年来，由于供给短缺，我国仓库租金呈加速上涨趋势。截止到2015年末，一线城市仓库平均租金达到38元/月•平方米。仓储设施短缺主要面临物流用地供给不足的问题。由于物流用地投入大、回报慢、收益相对偏低，导致用地难规划、难审批。一些地方要求较多的用地附加条件，如投资强度、税收贡献等，导致开发和运营成本过高，单纯经营物流业务难以达到要求，物流企业用地难、用地贵问题突出。
   四是基础设施结构性矛盾。我国物流基础设施初具规模，2015年，高速公路和高速铁路里程分别突破12万公里和1.9万公里，双双居世界第一。截止到2015年7月，全国共有物流园区1210家。但是，基础设施之间缺乏有效衔接，出现“最后一公里”瓶颈制约。由于部门间缺乏统筹协调，铁路和水路基础设施衔接不畅，集疏运体系不健全，制约铁水联运发展。调研显示，湖北省沿长江17个主要港口，与铁路接轨的港口仅6个。我国物流园区利用铁路专用线的比例为37%，缺乏转运换装设施。因此，大量本应通过铁路和水路运输的中长距离运输业务由公路承担，抬高了综合运输成本。同时，大量物流基础设施布局在沿海地区，内陆地区还有较大差距。随着沿海制造成本上升，相关产业逐步向内陆转移，迫切需要加大内陆地区物流基础设施配套，建设内陆地区外向发展大通道，降低内陆地区物流成本。